清洗方法有很多种，40%左右的家庭从未清洗过饮水机，而清洗过的家庭中有87%的只是自己简单擦洗一下，并且清洗的方法也是不科学不专业的，目前市场上使用最多的是以下几种清洗方法：
第一种  浸泡法：
     它是利用消毒液浸泡饮水机的各个管路达到清洁目的。使用二氧化氯消毒时，用50～100mg/L浓度的溶液浸泡5分钟即可，虽然成本低，可化学残留物不易清洗掉；使用双氧水消毒时，浸泡时间同为5分钟，浓度为1.5%，化学残留易清洗但成本很高。另外，甲醛、二醛等醛类消毒剂尽管杀菌能力很强，无奈刺激性气味大，而且没法对饮水机的内胆、管壁、分水管道等部位进行循环冲洗，难以将污物带出，存在&ldqu;二次污染&rdqu;。这是目前各种品牌纯净水厂家对客户承诺提供的所谓免费清洗消毒服务。
   
第二种   熏蒸法：
     该方法是利用臭氧的杀菌作用来达到清洗饮水机的作用。将臭氧从饮水机上部的入水口注入，大约经过20分钟的熏蒸可以杀灭大部分的有害细菌，此方法消毒效果很好，且成本较低，但没有清洗水垢等杂质的作用。

第三种  加压过滤法：
采用加压过滤方法的专业饮水机清洗机械。在清洗时，将清洗机的一端接到饮水机的入水口，另一端接入饮水机下部的排水口，形成一个封闭循环，同时采用专用消毒清洗剂。该方法利用清洗机械自身的循环压力，可以充分达到清洗的目的，然后通过机械压力可以将水垢和杂质完全排出。这种方法一般被专业的饮水机清洗公司所采用。